COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 30.327064
2021-01-08 17:00:00 30.836470 30.836470 30.402542
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.422867
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 30.198264
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.910591
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.770982
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 29.909320

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 26.799002
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 27.709876
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 28.363121
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.235906
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 28.173567
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 28.078996
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 28.067062

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 18.404118 18.404118 21.405348
2021-01-08 17:00:00 23.467862 23.467862 22.120367
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 22.337553
2021-01-06 17:00:00 24.676851 24.676851 22.434732
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 22.733846
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 22.994445
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 23.214180

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 14.213679
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 14.403608
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.773607
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 14.345727
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 13.885176
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 13.778689
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 13.803560

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 18.646792
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 18.537053
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 19.309837
2021-01-06 17:00:00 9.308348 21.073743 18.906129
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 19.086817
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 19.209799
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 19.420954

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 43.869405
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 44.912091
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 44.465303
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 43.765504
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 42.910851
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 42.266638
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 41.272385

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 44.911504 44.911504 39.307632
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 38.997160
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 38.696474
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 39.089657
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 38.692860
2021-01-04 17:00:00 38.865837 18.246753 38.510182
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 38.466487

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 29.670479
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 29.488356
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 29.369798
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 29.163604
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 28.731380
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 28.301055
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 27.999434

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 37.491091 37.491091 32.099594
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 32.636043
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 33.217139
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 33.892706
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 34.103046
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 34.220122
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 34.346056

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 32.491682
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 32.703405
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 33.118040
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 32.806638
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 32.534764
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 32.378330
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 32.144937

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 16.401268
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 16.804131
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 17.098745
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 17.296619
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 17.557650
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 17.836918
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 18.191095

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 9.185720
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 9.135640
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 9.374594
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 9.209558
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 9.069064
2021-01-04 17:00:00 16.141732 16.141732 9.051277
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 8.969627

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 48.780488 48.780488 46.310602
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 45.652438
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 45.380107
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 44.694824
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 44.432938
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 43.505890
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 42.597529

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 40.066223
2021-01-08 17:00:00 49.689441 20.779221 41.485308
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 42.114677
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 42.330822
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 42.346500
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 42.074751
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 42.506725

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 41.483888 41.483888 39.376285
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 39.632867
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 40.117454
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 40.003546
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 40.109820
2021-01-04 17:00:00 36.647494 82.497946 39.847728
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 39.516480

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 30.378770
2021-01-08 17:00:00 27.181140 27.181140 31.871278
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 32.603741
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 32.829863
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 32.587845
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 32.349773
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 32.049780

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 12.638354
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 12.686569
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 12.667955
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 12.327634
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 11.947668
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 11.846759
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 11.671978

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 28.049447
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 27.816871
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 27.791821
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 27.340276
2021-01-05 17:00:00 25.055644 25.055644 26.801451
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 26.237748
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 25.693920

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 15.689635
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 15.844918
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 16.032834
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 15.998625
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 15.841596
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 15.811147
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 15.774954

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 17.293826
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 17.409668
2021-01-07 17:00:00 43.537415 6.274510 17.827383
2021-01-06 17:00:00 24.282715 24.282715 18.559799
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 18.681041
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.527124 19.058054
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 19.256846

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 22.555400
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 21.837114
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 21.937640
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 21.470698
2021-01-05 17:00:00 4.827586 16.666667 20.424274
2021-01-04 17:00:00 6.053812 23.684211 20.412016
2021-01-03 17:00:00 7.592191 29.288703 20.167185

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 74.222878
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 75.140606
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 75.860565
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 76.359889
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 76.638838
2021-01-04 17:00:00 80.826526 152.090341 77.194678
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 77.644218

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 28.109628 28.109628 26.799002
Basilicata 18.404118 18.404118 21.405348
Calabria 14.218487 14.218487 14.213679
Campania 19.484727 19.484727 18.646792
Emilia-Romagna 40.251855 40.251855 43.869405
Friuli Venezia Giulia 44.911504 44.911504 39.307632
Lazio 27.127286 27.127286 29.670479
Liguria 37.491091 37.491091 32.099594
Lombardia 31.087954 31.087954 32.491682
Marche 17.097416 17.097416 16.401268
Molise 6.884058 6.884058 9.185720
P.A. Bolzano 48.780488 48.780488 46.310602
P.A. Trento 35.148515 35.148515 40.066223
Piemonte 41.483888 41.483888 39.376285
Puglia 34.723187 34.723187 30.378770
Sardegna 11.418944 11.418944 12.638354
Sicilia 28.933291 28.933291 28.049447
Toscana 14.909808 14.909808 15.689635
Umbria 23.505976 23.505976 17.293826
Valle d'Aosta 19.298246 19.298246 22.555400
Veneto 59.753277 59.753277 74.222878

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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